Владимир Иванович родился 19 июня 1986 года в селе Поповка Корочанского района Белгородской области.
Окончил 9 классов Плотавской средней общеобразовательной школы, Белгородское профессионально - техническое училище по специальности столяр, с 2004 по 2006 годы проходил службу в рядах Российской армии в городе Соров Нижегородской области во внутренних восках МВД России.
В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 21 сентября 2022 года № 647 «Об объявлении частичной мобилизации в Российской Федерации» Владимир Иванович был призван военным комиссариатом Корочанского района 11 октября 2022 года.
18 января 2024 года рядовой Агарков Владимир Иванович погиб, исполняя воинский долг по защите интересов Российской Федерации в специальной военной операции в поселке Житловка Кременского района Луганской Народной Республики.